Era il 1960 quando il "Museo civico storico artistico" di Busto Arsizio venne  istituito con apposita deliberazione del Comune di Busto Arsizio. Già dall'anno  precedente era attivo un comitato con il compito di dare forma all'idea di un  Museo della Città, che custodisse in sé tutte le testimonianze storiche, ma  soprattutto artistiche, entrate a far parte del patrimonio municipale. Per diversi  anni, però, l'idea del Museo rimase sulla carta in mancanza di una sede  adeguata per esporre i reperti e le opere d'arte. Nel decennio seguente gli  amministratori lavorarono per dare alla collezione una sede definitiva: venne  individuato Palazzo Marliani Cicogna, di proprietà Comunale dal 1820.

Il Palazzo fu dimora dei conti Marliani, proprietari del feudo di Busto Arsizio tra XVII secolo e il XVIII secolo, poi dei Cicogna tra 1799 e 1822. Successivamente fu sede degli uffici comunali e distrettuali, che snaturarono in gran parte lo stile e la conformazione strutturale. A metà degli anni '80, si decise di procedere ad un restauro per adibire una parte dello storico palazzo a Museo. Il 3 maggio 1990 vennero aperte al pubblico le prime otto sale in cui trovarono collocazione una cinquantina di opere tra dipinti, disegni, documenti e sculture.

Già a partire da questo momento, il patrimonio civico venne suddiviso in due ambiti: da una parte il patrimonio della collezione museale, dall'altra il ricco insieme di opere destinato a rimanere negli uffici e nelle sale di rappresentanza del Municipio. Dopo i primi anni di vita del Museo, al nucleo iniziale si aggiunsero altre opere, frutto di donazioni ed acquisti dell'Amministrazione, tra cui la donazione Gaetano Crespi Legorino (1991) e la donazione Don Marco Rossi (1994). Inoltre, dal 1996, l'istituzione dei Premi di pittura della Città di Busto Arsizio permise valide occasioni di confronto sulle tendenze più attuali e la formazione della sezione di arte contemporanea, attraverso l'istituto dei premi acquisto. Nel 2002 nuovi interventi di restauro resero possibile il raddoppio degli spazi espositivi, l'apertura di depositi attrezzati per le opere, spazi di servizio per archivi e biblioteca nonché un'area per le mostre temporanee. Numerose e di vario genere quelle ospitate negli anni dal museo.

Dalle rassegne dedicate agli artisti locali della prima metà del Novecento, a quelle di valore storico, che hanno mostrato immagini, ricerche e documenti inerenti il territorio, sino a quelle di valore didattico e ai laboratori a tema, proposti alle scuole e alle famiglie, per far vivere la collezione attraverso un approccio ludico e al contempo istruttivo.
Negli ultimi anni, con impegno importante, il museo ha proposto alcune rassegne di spessore, tra cui si ricordano quelle dedicate ad Arturo Tosi e Daniele Crespi nel 2006, "La città si fa bella" (2008) sulle trasformazioni urbanistiche a Busto tra le due guerre, la bella mostra "Moderni ma non troppo", dedicata alle collezioni bustesi degli anni Trenta (2009) e "Confraternite. Fede e opere in Lombardia dal Medioevo al Settecento" nel 2011.  

It was the 1960 when the "Museo Civico storico artistico" of Busto Arsizio was created, but it was opened only the 3rd May 1990. The Museum was established in Palazzo Marliani Cicogna. This palace was occupied by the counts Marliani, owner of the feud of Busto Arsizio between the XVII and the XVIII centuries, then by the family Cicogna from the 1799 until the 1822. After that the building was used as public offices. In the middle of '80s the palace was restored to become a Museum. The early part of the collection was increased by various donation like the Gaetano Crespi Legorino donation (1991) and the Don Marco Rossi one (1994). In the 2002 a second restoration permitted the opening of new areas inside the Museum like expositive rooms for temporary exhibition. The most important exhibitions realized by the Museum were the two dedicated to the famous painters Arturo Tosi e Daniele Crespi (2006), "La città si fa bella" (2008) about the urban transformations in Busto Arsizio between the two Wars, "Moderni ma non troppo" (2009) dedicated to the collecting of our city around the 30s; then "Confraternite. Fede e opera in Lombardia dal Medioevo al Settecento" (2011).